17 yaşında, henüz liseye gitmesine rağmen birçok olayı çözmüş genç bir dedektif olan Shinichi Kudo, kız arkadaşıyla gittiği parkta, şüpheli birilerini takip ederken siyahlar giymiş bir adam tarafından bayıltılır. Bulundukları mekân siyah giyinmiş adamın silah kullanmasına müsait olmadığı için, bağlı bulunduğu organizasyonun yeni geliştirdiği, vücutta hiç iz bırakmadan içirilen kişiyi öldüren zehirli bir hapı içirir ve Shinichi'yi olay yerinde bırakarak hızla ayrılır. Hap henüz denenmemiştir ve Shinichi'yi öldürmek yerine onu bir ilkokul çocuğu ebatlarına getirir. Kendisini bu hale getiren adamların ölmediğini öğrenip ailesine veya arkadaşlarına zarar vermemesi için adını Edogawa Conan olarak değiştiren Shinichi; arkadaşı Ran ve onun dedektif olan babası ile birlikte yaşamaya başlar.